U ovom takmičenju učastvuju 122 fudbalska kluba (uključujući i predtakmičenje) iz 53 fudbalska saveza članica UEFA. Različiti broj učesnika, klubova iz pojedinih zemalja, zavisi od UEFA koeficijenata. Jedan savez može dati najviše 4 ekipe. Savezi su poređani prema koeficijentima od 1 do 53:
Žreb za 1. kolo obavljen je 29. avgusta2008. u 13,00 časova u Nionu, Švajcarska. Mečevi će se igrali 18. septembra i 2. oktobra2008. U žrebu je 80 ekipa: 32 kluba pobednika kvalifikacija, 14 osvajača kupa u savezima rangiranim 1-14, 2 trećeplasirana iz saveza 7-8, 5 drugoplasiranih iz saveza 4-8, 7 petoplasiranih iz saveza 1-3 i 5-8, 3 pobednika Liga kupa saveza 3-4 i 16 poraženih klubova u Trećem krugu kvalifikacija Lige šampoina 2008/09.
Žreb za takmičenje po grupama održan je u Nionu7. aprila2008. u 12 časova. Ekipe su na osnovu UEFA koficijenta podeljene u 5 šešira po osam. U prvom šeširu su ekipe sa najboljim koeficijentom.
Žreb za šesnestinu finala održan je u petak 19. decembra u Nionu u Švajcarskoj. Prema pravilima u ovom delu takmičenja igraju prvoplasirani iz takmičenja po grupama, protiv trećeplasiranih, dok će drugoplasirani igrati ptotiv ekipa koje su došle iz Lige šampiona. U šesnaestini finala ne mogu se sastati klubovi iz istih zemalja, kao i oni koji su bili u istim grupama. Utakmice će se igrati 18/19. februara i 26. februara2009.
Žreb za osminu finala obavljen je istoga dana kada su žrebani parovi šesnaestine finala 19. decembra2008. Utakmice će se igrati 12 i 18/19. marta2009. godine.